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L'affaire Dreyfus crée une réaction de bloc contre bloc. La République est menacée par l'extrême-droite. Une coalition de modérés, de radicaux et de socialistes gouverne la France de juin 1899 à janvier 1906 sous le signe de l’anticléricalisme. Le gouvernement du républicain Waldeck-Rousseau met fin à l’agitation nationaliste. Un ministre socialiste Millerand, contribue à faire réduire la durée quotidienne de travail. Waldeck-Rousseau fait voter la loi de 1901 sur les associations.
Émile Combes
L'unification des socialistes au sein de la SFIO entraîne le retrait de ces derniers du bloc des gauches qui disparaît après le gouvernement Clémenceau de 1906. La participation de Millerrand au gouvernement de Waldeck-Rousseau a été très critiquée par quelques socialistes français (Guesde, allemanistes) et l'Internationale socialiste.
, un radical succède à ce dernier en 1902. Combes mène une lutte très dure contre les congrégations religieuses. La loi de séparation votée le 9 décembre 1905 a été conçue par le socialiste Aristide Briand avec le soutien de Jaurès. Elle reconnaissait le libre exercice de tous les cultes sans en privilégier aucun. Cette loi achève l'émancipation de l'Etat de la sphère religieuse. Désormais l'Etat ne reconnaît, ni ne subventionne aucun culte.